习近平总书记在推动长江经济带发展座谈会上指出，要用改革创新的办法抓长江生态保护。笔者认为，保护长江生态环境，除了在长江经济带层面建立统筹协调、规划引领、市场运作的领导体制和工作机制外，还必须创新流域环境保护管理体制，设立专门的长江流域管理机构，统一负责水环境治理和生态保护。
一是依法成立强有力的管理机构，对长江流域环境治理和生态修复实行统一监管。先行工业化国家流域治理的基本经验是建立统一的流域管理机构，长江流域的生态环境保护也要适应流域跨地区的自然属性，建立统一、高效的综合管理机构，负责流域水环境的统一协调、监督和管理。同时，以流域管理机构为龙头，构建各流域内相关省级涉水部门参与的流域水环境保护协作机制和风险预警防控体系。
二是制定《长江流域管理法》，促进长江流域环境依法治理。《长江流域管理法》要明确长江流域管理机构的法律地位和职责，长江流域管理机构作为国务院的派出机构，负责流域环境治理和生态保护修复的统一规划、统一标准、统一环评、统一监测、统一执法，确定流域管理机构与中央相关部委的关系、与地方政府之间的职责划分，明确各自的权利和义务，矛盾纠纷的处理原则和程序等。
三是制定长江流域环境治理和生态修复专项规划，明确环境治理的目标、措施和时限，落实《长江经济带发展规划纲要》的生态环境保护要求。对长江防护林体系建设、水土流失及岩溶地区石漠化治理、退耕还林还草、水土保持、河湖和湿地生态保护修复等工程进行统一规划，分解任务和责任。
四是建立充足的资金保障机制，促进环境基础设施建设和环保生态事业发展。流域水资源费和排污费主要应用于污染治理和生态修复。建立健全长江流域水生态补偿机制，合理界定和分配水权，建立流域地区间、上下游间的水权交易方式。
