首任生态环境部的领导成员承袭原环境保护部的领导成员。其中，原环境保护部部长李干杰任生态环境部首任部长、党组书记。除李干杰之外，首任生态环境部领导成员还包括黄润秋、翟青、赵英民、刘华、吴海英、庄国泰。
黄润秋此前长期在四川工作，曾任四川省人大常委会副主任，九三学社中央委员、四川省委主委，成都理工大学副校长。2016年3月，黄润秋调任环保部副部长。
翟青长期在国家发改委及环保部工作，2013年2月出任环保部副部长、党组成员。赵英民2015年11月任环保部总工程师，并于2016年3月任环保部副部长、党组成员。
刘华长期从事核安全领域工作，2013年5月任环保部核安全总工程师，2016年12月任环保部副部长、党组成员、国家核安全局局长。
吴海英此前担任驻环保部纪检组长、党组成员。庄国泰此前在环保部工作多年，曾任环保部办公厅主任，2017年12月出任环保部副部长、党组成员。
根据十三届全国人大一次会议批准的国务院机构改革方案，将环境保护部的职责，国家发展和改革委员会的应对气候变化和减排职责，国土资源部的监督防止地下水污染职责，水利部的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，农业部的监督指导农业面源污染治理职责，国家海洋局的海洋环境保护职责，国务院南水北调工程建设委员会办公室的南水北调工程项目区环境保护职责整合，组建生态环境部，作为国务院组成部门。
