“流域横向生态保护补偿机制的核心是落实区县水环境防治责任，让受益者付费、保护者获益。”重庆市财政局介绍，基本的制度设计是：河流上下游区县签订协议，以交界断面水质为依据双向补偿，水质变差、上补下，水质变好、下补上。补偿标准每月100万元，交界断面水质达到水环境功能类别要求并较上年度水质提升的，下游区县补上游区县，下降或超标的上补下。对直接流入长江、嘉陵江、乌江和市外，以及市外流入重庆的河流，由市级代行补偿或受偿主体责任。补偿金月核算、月通报、年清缴，用于流域污染治理、环保能力建设等。
生态保护，关键在形成合力。对此，重庆出台了“三奖”政策：一是奖早建，对今年10月底前建立补偿机制、签订3年以上补偿协议的，一次性奖300万元；二是奖协作，对建立流域保护治理联席会议制度、形成协作会商、联防共治机制的，一次性奖200万元；三是奖成效，对上下游区县有效协同治理、水环境质量持续改善的，在安排转移支付时给予倾斜。
有激励就有约束。对今年没签订补偿协议（协议有效期须3年以上）、未建立流域横向生态补偿机制的区县，从明年起重庆市每年向流域的上游区县收取1200万元水质考核基金直至签订协议，对补偿断面水质未达到水环境功能类别要求或者虽然达到要求但水质下降的，按补偿标准每月计算考核基金扣减额度。
重庆流域横向生态补偿机制突出“成本共担、效益共享、合作共治”原则，是落实中央共抓长江大保护战略、提升长江重庆流域水环境质量的重要举措，也是筑牢长江上游重要生态屏障、保护三峡库区和长江母亲河、促进重庆绿色发展、构建生态文明政策体系的财政制度创新。市财政将联合环保、水利等部门按月监测水质，按月通报水质评价和核算结果，按月核算考核基金。
按照重庆的计划，到2025年市域河流上下游区县横向生态保护补偿机制成熟定型，对流域保护和治理的支撑保障作用明显增强。期间，重庆将鼓励区县协商采取资金补偿、对口协作、共建园区等方式，在具备条件的流域采用水质水量作为补偿基准建立横向补偿机制，鼓励区县之间开展排污权和水权交易。
