截至5月28日晚，各督查组已对212个地级市报送的1098个水源地3299个问题清单开展了现场核查，并通过12369电话、微信举报以及卫星遥感监测结果提供的线索，新发现42个问题，主要包括工业企业、农业面源污染、生活面源污染等（详见下表）。
河北省7个问题（涉及石家庄市、邯郸市、沧州市），安徽省6个问题（涉及合肥市及庐江县、六安市霍山县、蚌埠市怀远县），浙江省4个问题（涉及衢州市龙游县、绍兴市诸暨市），山西省3个问题（涉及太原市、临汾市），内蒙古自治区3个问题（涉及赤峰市），云南省3个问题（涉及昆明市、楚雄州双柏县、曲靖市师宗县），辽宁省2个问题（涉及铁岭市），湖南省2个问题（涉及岳阳市湘阴县、邵阳市洞口县），广东省2个问题（涉及深圳市），广西壮族自治区2个问题（涉及玉林市、贺州市），四川省2个问题（涉及广安市华蓥市），贵州省2个问题（涉及毕节市黔西县、黔东南州从江县），陕西省2个问题（涉及榆林市），江西省1个问题（涉及南昌市），河南省1个问题（涉及商丘市）。
此次督查发现，安徽省合肥市、云南省昆明市、江西省南昌市3个地级城市水源地排查整治不彻底，未按生态环境部要求于2017年年底前全面完成地级水源地排查整治工作。
