深港环保旗下拥有5个技术研发平台及1个博士后实践基地， 包括广东省流域水环境修复工程技术研究中心、深圳河道水体生态修复技术工程实验室、深圳市海岸与大气研究重点实验室、深圳环境微生物资源开发与应用工程实验室、深圳市环保产业园环保技术公共研发平台、深圳市博士后创新实践基地。公司长期与北京大学、清华大学、中国地质大学、中国城市建设研究院、中国市政工程中南设计研究院等科研院校以及设计单位保持密切合作关系。在科研方面，可谓“横看成岭侧成峰”。
一直以来，都有合作伙伴劝深港环保砍掉庞大的研发队伍，这样公司一年便会多出数千万元的利润。在王波看来，这显然不是长久之计：“砍掉后，明年是多出数千万元，后年呢？”深港环保不仅要保留研发队伍，还要进一步激发活力，制定考核措施：要求每一个技术研发人员，每年在核心期刊至少发表一篇论文，公司负责版面费，并且发放奖励；如果没有完成，就要扣除相应绩效。
此举旨在鼓励科研人员思维上的创新。王波表示，“环保行业很多环节的文件复制、粘贴成风，导致思维僵化。但写论文不同，必须在立意选材方面有新意，有自己的思考。”在严格的考核措施激励下，深港环保每年发表的论文数量比很多国内高校环境学院的还要多。
王波认为，深港环保发展至今，技术创新是最重要的驱动力，科研人员的创新及思考，是企业应对未来的最好储备。随着环境产业的发展，治理需求已不局限于做好一个点、一个厂，而是放到了更宏大的流域、区域层面；对于环境企业的要求，也逐渐从排放达标、总量控制走向了断面达标、区域达标。王波判断：“环境产业发展到现在，早已经不是外界认为的简单‘点对点治理’的范畴了。考核断面要达标，可能与单个污水厂排放是否达标没有必然关联，还有综合考虑排水管网及排水体制、面源污染、工业污染源管控、应急预警等若干因素。它要求企业具备强大的规划能力和运营能力，思路创新和技术储备不可或缺。”
基于上述考虑，深港环保的企业定位调整为“流域/区域环境污染综合治理技术提供商与运营商”，希望通过加强规划、运营能力，成为地方环境服务的直接提供者。王波透露，当前公司业务拓展思路同样来源于此：“经过公司辨识，找到有着潜在治理需求的地区，去告诉当地政府目前存在哪些问题、需要通过什么样的手段及技术途径解决，以缜密的顶层规划打动政府。”由于早走半步、信息掌握全面，在拿项目阶段便更具优势。近年来，深港环保承接的系列流域治理项目，包括丹江口库区，南四湖，伊通河等流域，均验证了“规划+运营”思路的有效性。
关于未来，深港环保仍将按照技术驱动、综合服务的思路走下去。为确保走得稳、不走偏，在治理模式尚未成熟的农村污水治理领域，深港环保也将坚持“服务为本”，提出建设运营为一体的“smile”模式，摒除单纯提供设备或者设施的销售行为。在流域环境治理方面，大力倡导一河一司，以最终流域断面达标作为绩效评估的“R-eMC”模式，以最优的经济投入取得最大的环境收益。这些以服务为导向，以区域或者流域环境总体达标为目标的商业模式为企业带来了更好的发展契机，王波表示：“有人说，做企业应该坚持利润第一，但只考虑利润肯定不是环境企业该做的事情。”
