照新老《条例》发现，新《条例》主要在以下几方面作出了重大修改：一是删除"环评单位资质"条款，取消了资格证书审查制度的要求；二是取消竣工环保验收行政许可，将竣工验收的主体由环保部门调整为建设单位；三是增加“不予审批情形”条款，明确环评审批要求；四是明确环境影响技术评估法律地位；五是取消“试生产期间要求”。六是进一步加大了违法处罚和责任追究力度。
同时，其他与新环评法，环境保护法不一致的内容也进行了修改，如对于职能交叉和审批前置等进行简化，环境影响登记表由审批制改为备案制等。
值得注意的是，新《条例》并没有明确环境监理地位，没有提到建设项目需开展环境监理的要求，同时，也没有明确环评与排污许可制度相衔接的要求。
