1989年11月，世界气象组织全球大气观测系统刚完成整合不久，政府间气候变化专门委员会第一次评估报告即将出炉；全球二氧化碳浓度不断升高的趋势越来越不容忽视，南北两极等地纷纷建立起大气本底基准观测站，但欧亚大陆腹地仍是一片空白，从已有观测站获得的数据尚不能代表全球气候变化的真正状况。能否在中国内陆高原建一座大气本底基准观象台？这是一个大国的担当也是一份沉甸甸的责任，在这样的背景下，瓦里关山因为良好的地理环境，脱颖而出开始了风风火火的建站工作。
1994年瓦里关山大气本底基准观象台正式投入运行，如今已经顺利运行25年。作为全球大气监测计划中位于欧亚大陆腹地的第一个也是唯一的大陆型基准观象台，目前开展的观测项目有二氧化碳、臭氧、甲烷等温室气体、气象梯度观测以及常规气象观测等近30个项目,超过60个要素，每天产生6万多个数据，大部分项目24小时连续观测。观测业务在国际和国内专家的指导下，严格按照世界气象组织《全球大气监测观测指南》要求进行，这些项目是全球大气质量的重要参照系，对研究、评估全球气候变化起着重要的作用。其中，本底台所观测的温室气体资料，也是联合国气候变化框架公约的支撑数据，其结论具有非常重要的政策指示作用。观测的数据不仅服务于中国温室气体公报，也作为我国宝贵的温室气体资料参与了多次全球气候变化大会。这些观测资料已进入温室气体世界数据中心和全球数据库，用于全球温室气体公报。不仅如此，本底台也为我省温室气体公报的发布和污染源清单的调查与统计提供了参考数据。
作为世界海拔最高的大气本底观象台瓦里关山监测台在为全球提供检测数据的同时，也是科技部国家野外科学观测研究站、中国气象局首批野外科学试验基地。本底台观测的长时间序列原始数据共享全球，对国内外专家开展研究和分析、科学评估等方面发挥着重要作用。由于瓦里关独特的区位优势和“特殊”的观测资料，也吸引着一大批国内外知名科研人员在这里开展科研工作，收获成果。自建台以来，本底台已与加拿大、美国、澳大利亚、瑞士、德国等国家和地区建立了仪器标定、资料分析等合作关系，先后开展了中美、中加、中芬等科技合作项目，并与国内许多科研机构和院校开展了多项科研合作。
