纳帕海流域综合治理一直以来是迪庆州委、州政府，香格里拉市委、市政府高度重视的一项重要工作，近年来，两级党委政府为加快推动纳帕海高水平保护和流域高质量发展，多措并举不断推进纳帕海流域“水患与水质”综合整改工作，目前，水位处于可控和安全水位，近期水质已脱离劣V类，部分区域已达IV类和Ⅲ类，纳帕海水患治理和水质提升取得了突破性进展。
自2020年起香格里拉市成立以市委、市政府主要领导任双组长的纳帕海综合治理工作领导小组，2022年调整充实领导小组及指挥部机构，加强对项目推进工作的组织领导，积极推进项目谋划、申报、资金争取及建设等工作。2023年，针对环保督察问题，香格里拉市成立纳帕海水环境综合治理整改工作领导小组和纳帕海水质改善应急工作领导小组，制定了《纳帕海水环境整治综合治理整改方案》，建立起纳帕海湿地保护联合治理机制。为纳帕海“水患与水质”综合整改提供了坚实保障。
在推进的纳帕海水患治理整改工作中，纳帕海管护局认真落实州委、州政府，市委、市政府相关部署，本着“水患在汛期、措施应在枯水期的原则”，通过“扩容、增闸、移路、增管调栏、增点、插管”等措施，纳帕海渗水排水状况已有明显改观。目前水位3263.15米与2022年汛期最高水位3266.68米相比下降3.53米，处于来量与走量平衡且开启水循环模式，有效促进湿地有害沉积物的光合作用，加快消耗氮、磷等物质，有力提升纳帕海“水患与水质”治理。
在纳帕海周边村庄，部分一体化污水处理站已经进入了试运行阶段，服务范围内的污水管网覆盖率仅达到16%且仅有2个污水处理站，项目实施以来通过加快污水管网、污水提升泵井、一体化污水处理站建设，纳帕海周边村庄目前管网覆盖率已达85%，建设14个污水处理站，目前村庄污水收集处理已有7套一体化处理站试运行，预计2023年12月30日能全面完成项目建设任务。其次，实施2023年城市老旧小区改造，科学排布雨污管网，持续加强污水收集。第二污水处理厂扩建工程也在加紧推进，目前工程已经完成70%，计划于2023年6月30日进行调试运行，完成扩建后全市城区污水处理能力达3万立方米/天。
近期以来，市住建局根据既定的11项整改措施，推进纳帕海污水治理源头雨污排口溯源、河道清淤等整改工作。截至目前，入河排口溯源整改完成城区市政主次干道雨污管网187公里，同步修复污水管道破损渗漏点位67个，完成龙潭河、打浪河、奶子河、桑那河、纳赤河五条河流167个入河排口溯源工作，并根据溯源结果完成138个雨水排口溯源及标识牌公示，4个废弃排口封堵，13个雨污混流排口进行整改；完成纳赤河香巴拉大道大桥至二污厂2.3公里、龙潭河1.4公里的河道清淤工作。加快推进纳帕海源头治理整改工作。
在加强种植面源污染中将纳帕海沿线核心区3942.63亩土地纳入控规范围，对管控区内种植品种和农药化肥施用情况实施统一监管。在纳帕海周边实施油菜示范样板创建200亩，与周边152户签订《农业投入品科学安全使用承诺书》，在纳帕海流域范围内设立34个农残定点监测点，并向所有种植户宣传绿色生产方式。对纳帕海周边15个村民小组，684户牲畜情况进行排查，开展每日巡逻监督，避免牲畜放养对湿地、草场的污染破坏。期间还开展畜禽粪污资源化利用及畜禽养殖安全生产技术宣传培训，宣传畜禽粪污资源化利用相关政策法规。有效遏制纳帕海流域种养殖面源污染。
与此同时，通过开展整治纳帕海旅游环境规范周边经营主体、常规项目建设及日常清理、严格落实河（湖）长制等一系列水环境整治综合治理整改行动，纳帕海湖沼湿地的性质得以持续，既保证安全度汛和正常泄水又提升了湿地水体循环和自净能力。目前水位处于可控水位和安全水位，近期水质已脱离劣V类，部分区域已达IV类和Ⅲ类，纳帕海水患治理和水质提升取得了突破性进展。
纳帕海管理局表示，下一步将落实好州委九届五次全会提出守牢安全和生态“两条底线”，实现绿色发展。扎实做好纳帕海治理工作，紧紧抓住生态环境保护督察巡视工作的契机，全力以赴抓好纳帕海环境突出问题的排查和整改落实工作，建立健全保护生态环境的长效机制，边督边改、立行立改，控住源头，对纳帕海支流持续开展整治；保住中间，抓好农业面源污染整治监测；保住尾端，抓好污水收集处理，制定前中尾系统治理的方案，坚决、全面、彻底完成整改任务，推动生态文明建设迈上新台阶。
