“我国仍处在工业化、城镇化快速发展阶段，生态环境保护压力依然很大，自然保护区在建设和管理中还存在一些问题，面临严峻挑战。”
6月30日，环保部部长陈吉宁在第十二届全国人民代表大会常务委员会第二十一次会议上就自然保护区的建设和管理工作情况作出报告。
陈吉宁指出，全国超过90%的陆地自然生态系统都建有代表性的自然保护区，89%的国家重点保护野生动植物种类以及大多数重要自然遗迹在自然保护区内得到保护，部分珍稀濒危物种野外种群逐步恢复。
然而，与此同时，自然保护区的建设和管理仍存在保护与开发矛盾突出、管理机制有待健全、基础工作比较薄弱，以及区域布局尚需完善等问题。
首先，由于大多数自然保护区处于老少边穷地区，为追求经济利益，有些地方多次不合理调整、甚至撤销自然保护区，还有一些地方在自然保护区内盲目开发建设、将村镇、农田、工矿企业划入其中，结果导致生态系统“碎片化”，制约了自然保护区健康发展。
其次，现有的法律法规对自然保护区的一些规定过于原则，操作性不强，处罚标准偏低。风景名胜区、森林公园与自然保护区多头管理、多数自然保护区管理机构集行政、事业和企业职能于一身也给自然保护区的管理带来很大困难。
除此之外，大部分省级以下自然保护区机构建设不能满足实际需要，有的甚至没有专门管理人员。另外，与陆地生态系统相比，水生生物和海洋生态系统保护不足，一些生物多样性丰富的地区还没有建立自然保护区。
针对以上问题，陈吉宁提出，环保部下一步将继续从加强法制建设、深化体制改革、严格监督管理等方面做好工作。
具体来说，要研究完善不同类型自然保护区管理办法、自然保护区土地管理办法，并鼓励推进“一区一规”，针对保护对象特殊、生态功能重要的自然保护区制定专门规章。
此外，要积极推进三江源等国家公园体制试点，形成符合我国国情的自然保护地分类体系和管理体制。此外，强化环境保护督察，督促地方政府和相关部门落实自然保护区管理主体责任，科学划定生态保护红线，将各级各类自然保护区纳入红线范围。
陈吉宁说：“要提高涉及自然保护区建设项目的准入门槛，制定负面清单，强化规划环评约束，细化项目环评要求。严肃查处各类违法行为，采取约谈、挂牌督办、曝光等手段，强化问责监督。”
截至目前，全国已建立2740处自然保护区，总面积147万平方公里，其中陆域面积142万平方公里，约占全国陆地国土面积的14.8%。
