如何治好“长江病”？共计九章八十四条，这部旨在全面保护长江流域生态环境的顶层设计从国土空间用途管控、生态环境修复、水资源保护与利用、推进绿色发展、法律实施与监督等方面作出了具体制度和措施规定。作为首部流域性保护法律草案，为长江流域“坚持大保护、不搞大开发”提供了法律武器。
关于对行为的适用范围，草案主要从生态系统保护的基本要素行为和威胁破坏长江流域生态环境的行为两方面确定了八个方面的行为范围。“要针对长江流域生态系统破坏的突出问题，把生态修复摆在压倒性位置。”在国土空间用途管控一章，明确“在本法实施之日起十年内，长江干流和重要支流等重点水域全面禁止生产性捕捞”。
草案进行了多项制度上的创新。与此前不同的是，这部流域整体生态系统的保护法、一部综合法，而不仅仅是流域水资源保护法，这也是与现有水事立法的最大差异所在。其中特别强化有关长江流域生态治理中的特殊性问题，把法律的一般性规定与特殊性规定有机结合，针对突出问题体现了严格管理。
此次草案还将目前正在做的一些工作、已经颁布的一些制度上升为法律，将进一步提高约束力。建立长江流域河道采砂许可制度。依法划定禁止采砂区和禁止采砂期。控制采砂船舶总量。增加了关于生物完整性指数的内容，并将其变化状况作为评估长江流域生态系统和水生生物总体状况的重要依据。而在过去4年里，长江经历了史上最严的环保调控，也是全国较早开展督查的流域之一。
以协调机制为核心的流域管理体制创新，是草案的一大亮点。诚如长江保护涉及多个领域、多个部门、多个地方。为保证科学合理地管理长江流域，草案将管理范围限定为长江流域内的相关县级行政区域。“打破了过去环境立法以要素为主的条条分割，也打破了以地方行政区为管理单元的框框限制。”
草案提出，禁止在长江干支流岸线一公里范围内新建、扩建化工园区和化工项目。禁止重污染企业和项目向长江中上游转移。加强对太湖、鄱阳湖、洞庭湖、巢湖、滇池等重点湖泊实施生态系统修复和其他相关保护措施。对氮磷浓度严重超标的湖泊，应当在影响湖泊水质的汇水区，削减化肥用量，禁止使用含磷洗涤剂。
在划定各方职责边界方面，草案明确规定市、县级河长负责落实协调机制的有关规定。其中第四条提出，国家建立长江流域统筹协调机制下的分部门管理体制，长江流域协调机制由国务院建立。组织建立完善长江流域相关标准、监测、风险预警、评估评价、信息共享等体系，并负责对各体系运行的统筹协调。而在此前一段时间内，长江生态环境硬约束机制尚未建立，长江保护法制进程滞后。
为了加强对长江流域生态系统和环境的保护，专门设立了对破坏生态系统行为和污染环境行为的处罚。同时，首次规定长江流域设区的市级以上地方人民政府及其有关部门可以按照国家有关规定提起生态破坏或者环境污染损害赔偿诉讼。并在法律层面明确以协调机制统筹和解决各省市之间的横向关系和矛盾，为解决其他流域保护以及区域一体化等领域亦将提供可复制可参考的立法经验
