垃圾治理的经济制度必须保障垃圾治理各个主体的权利。垃圾治理主体可分为垃圾产生者、垃圾产生地、垃圾处理者、垃圾接收地（即垃圾处理设施所在地）、商家（包括商品生产商、分销商或电商）和行政管理部门。行政部门的关心点主要在垃圾妥善治理和社会公益，垃圾产生者、处理者等其他主体的关心点主要在自己的私利，这是设计垃圾治理经济制度的基础。为保障主体权利，垃圾治理的经济制度至少要包括财政专项资金制度、生态补偿与赔偿制度、垃圾排放费收缴制度、垃圾处理费支付制度和生产者责任延伸制度。
1.财政专项资金制度
垃圾治理财政专项资金制度主要适用于政府与社会之间。政府应设置垃圾治理财政专项资金，用于保障垃圾治理的管理与服务、可持续发展和应急处理，具体用途有：（1）日常性垃圾管理与服务；（2）垃圾治理突发事件的应急处理；（3）奖励垃圾源头减量与排放控制、资源化利用和妥善处置；（4）支持垃圾治理可持续发展与创新。
2.生态补偿制度
生态补偿制度主要适用于垃圾产生地与垃圾接收地之间。垃圾接收地因建设“邻避性”垃圾处理设施而损失发展机会，理当受到补偿；相反，垃圾产生地因向外输出垃圾而获得良好的生态环境及由此触发的发展机会，理当向垃圾接收地支付补偿；这就是垃圾治理要遵守的“受益者补偿，受损者受偿”原则，垃圾治理要根据这一原则建立健全生态补偿制度。
3.生态赔偿制度
生态赔偿制度主要适用于垃圾产生者、垃圾处理者与其所在地之间。垃圾产生者或垃圾处理者因处理不当造成所在地的生态环境破坏时，要承担生态环境赔偿责任，不仅要负责恢复生态环境（承担相关费用），还要承担相关处罚，是一种强制性、惩罚性责任，这就是垃圾治理要遵守的“损害者赔偿”原则。垃圾治理要根据这一原则建立健全生态赔偿制度。
4.垃圾排放费收缴制度
垃圾排放费收缴制度主要适用于垃圾产生者与垃圾处理者之间；但为了管理方便，垃圾产生者可能委托物管、社区（村）居委或所在地政府等第三方全权代理，于是，形成了适用于“垃圾产生者——第三方——垃圾处理者”三者之间的垃圾处理费制度（包括垃圾排放费收缴制度和垃圾处理费支付制度）。建立垃圾排放费收缴制度的原则是“垃圾产生者负责”原则。
垃圾排放费收缴制度应起到以下作用：（1）支撑垃圾处理。根据垃圾处理费确定垃圾排放费收缴基数，按量计费，产生越多缴费越高；（2）鼓励源头垃圾减量。制定按量计价计费方法或阶梯式计量收费办法，产生更多单价更高缴费更高；制定垃圾排放权交易制度，让垃圾产量多的人购买垃圾排放权；（3）鼓励垃圾分类排放和资源化利用。按类计量收费，甚至“购买”可回收物，加重混合垃圾排放收费。
5.垃圾处理费支付制度
垃圾处理费支付制度是垃圾处理者与垃圾产生者之间的交易安排，是“垃圾处理者受益”原则的体现。垃圾处理者向垃圾产生者提供垃圾处理服务，理当向垃圾产生者收取垃圾处理费。在垃圾产生者与垃圾处理者直接交易和市场经济条件下，垃圾处理费与垃圾排放费相同；在“垃圾产生者——第三方——垃圾处理者”模式和市场经济条件下，垃圾处理费与垃圾排放费都应加上第三方服务费；在非市场经济条件下，尤其是在垃圾处理供需分割条件下，垃圾处理费和垃圾排放费可能完全不同且互不相关，任由第三方确定（只有政府才有这种权利）。
垃圾处理费支付制度应起到以下作用：（1）支撑垃圾妥善处理。根据垃圾处理成本确定垃圾处理费基数，保障垃圾妥善处理；（2）支持垃圾处理体系建设。制定引导资源化利用、焚烧、填埋等各种处理方法良性发展的系统计价办法；（3）适应垃圾产生者和垃圾产生地的支付能力；（4）支持向垃圾处理设施所在地提供适当的服务；（5）支持社会公益活动。
6.生产者责任延伸制度
生产者责任延伸制度是落实商家在垃圾回收利用中的责任的经济安排，如抵押金制度、以旧换新制度、强制回收清单制度。德国绿点标志做法值得借鉴，已经缴纳垃圾回收费用的产品贴上绿点标志，商家缴纳的资金则通过规定程序和途径补贴给回收利用企业和垃圾产生者；绿点标志做法的最大优势在于将各商家的小额资金汇集成大额的基金，这笔基金可进入金融业流转，从而增强资源化利用的资金扶持力度。
