指挥部主要任务是：统筹协调遂宁市、资阳市，遂宁市安居区、安岳县、乐至县琼江流域水污染防治攻坚工作；研判、协调落实琼江流域水污染防治攻坚工作中存在的跨区域、跨部门的重点难点问题，推广先进经验；定期调度、分析、通报琼江流域水生态环境质量和水污染防治攻坚工作推进情况；从省级层面加强对流域防治工作的资金、项目、科技支持，协调专家对流域开展驻点跟踪指导。
根据工作要求，指挥部每季度召集流域2市3县（区）相关负责同志召开工作协调会议，协调解决工作中遇到的难题问题。根据工作需要可临时召开会议，可邀请其他部门参加会议，研究相关工作。每月调度琼江流域污染防治工作进展和水质情况，收集汇总流域水污染防治攻坚工作，及时总结好经验、好做法，向流域各地及省级河长进行通报。
