《办法》规定，生态环境损害赔偿义务人应当修复受损的生态环境。赔偿义务人不能修复的，由损害发生地县（市、区）人民政府组织修复。损害发生地跨行政区域的，环境保护、国土资源等部门（以下简称“工作部门”）应当商请其共同的上级人民政府确定修复组织者。赔偿义务人应当根据磋商或者判决要求，组织开展生态环境损害的修复。赔偿义务人无能力开展修复工作的，可以委托具备修复能力的社会第三方机构进行修复。
《办法》明确，工作部门依据各自职责，负责相关生态环境损害修复效果后评估工作。工作部门工作人员在修复效果后评估监督管理过程中存在滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊的，依法依规追究责任；涉嫌犯罪的，依法追究其刑事责任。修复责任人存在故意延期、施工质量问题、发生次生生态环境损害问题造成较大影响的，依法依规追究相关责任。
