实现水环境治理由城镇地区向农村地区延伸。以水源地周边村庄、新增民俗旅游村庄、人口密集村庄为重点，利用3年时间，解决900个左右村庄的生活污水治理问题。结合农村户厕改造，采用收集运输处理等方式解决人口较少村庄生活污水治理问题。
由解决集中点源污染向消减面源污染延伸。开展初期雨水、合流制溢流污水调蓄设施规划研究，推进调蓄设施建设，逐步建立降雨、设备检修和排水高峰日等特殊情况下污水处理安全运行保障体系。推进畜禽养殖污染防治，持续提高规模化畜禽养殖场污染治理设施配套率、粪污综合利用率。推进化肥农药减量增效，深入推进测土配方施肥和农作物病虫害统防统治与全程绿色防控，推动化肥农药使用量实现负增长。
由黑臭水体治理向小微水体整治延伸。按照污水、垃圾、畜禽粪污、水产养殖污染、种植业面源污染治理和农村户厕改造、土地整理、小微湿地建设等协同推进的原则，根据小微水体不同的使用功能，逐一制定整治方案，基本实现无污水排入、无集中漂浮物、无垃圾渣土、无臭味、无违法建设的“五无”目标。
由注重工程建设向更加注重运行管理转变。对于进水生化需氧量(BOD)浓度低于100mg/L的城镇污水处理厂，要按照“一厂一策”的原则制定系统化整治方案。农村污水处理厂(站)应安装在线监控系统，并明确管理维护责任单位。加强污泥处置监管，推进污泥资源化利用，研究推动污泥产品储存、中转场站建设，逐步增加污泥产品在本市园林绿化工程中的使用量。
以农村污水收集处理、小微水体整治、合流制溢流污染和面源污染治理为重点。健全排污口管理制度，对入河(湖)排污口进行统一编码，明确管理单位和管理责任。以不达标水体为重点，排查摸清沿岸排污口底数，逐一登记建档，实现生态环境部门与水务部门信息共享。对于超过水污染物排放标准或超过重点水污染物排放总量控制指标的排污单位采取相关整治措施。排放含重金属、难以生化降解成分以及高盐度的工业废水，不得接入城市生活污水处理设施。
在资金支持方面，《方案》提出中心城区污水处理(再生水)厂(站)建设资金由特许经营主体承担，50%的征地拆迁资金由市政府固定资产投资解决，剩余50%的征地拆迁资金由所在地区政府承担。市级财政对农村地区污水处理(再生水)厂(站)运营经费按不同比例给予补贴，生态涵养区和通州区农村地区补贴比例为70%，朝阳区、海淀区和丰台区农村地区为50%，其他农村地区为60%，补贴基数为3元/立方米。
此外，在完善城镇污水处理设施方面，《方案》明确利用3年时间，新建污水收集管线740公里、再生水管线101公里，改造雨污合流管线82公里，升级改造污水处理厂(站)9座，新建(扩建)再生水厂14座，新增污水处理能力50万立方米/日。
