(1)实际运行锅炉系统参数与设计值偏离太大（如煤质劣化、锅炉漏风、烟气温度变化、粉尘浓度过高等）．出现效率降低、结垢堵塞、石膏结晶困难、无法满负荷运行等问题，不得不进行脱硫烟气系统的改造，如扩大浆液结晶槽的容量、新增脱硫塔或改变脱硫剂等措施，代价很高。
(2)脱硫塔人口烟道没计不合理，脱硫塔入口出流场分布不均，周边出现漩涡回流，导致脱硫塔人口积灰。特别是当入口烟气粉尘浓度较高时，可产生严重的积灰问题，直接影响脱硫系统的运行可靠性和效率。因此．应特别注意脱硫塔入口及其相关人口烟道的设计，尽可能延长脱硫塔人口烟道平直段，在脱硫塔人口烟道拐弯处布置导流板，减小脱硫塔入口烟道两侧的扩散角和倾角，保证流场分布的均匀性是解决此问题的关键。
(3)由于浆液里的有机物及微细粉尘富集·脱硫塔冒泡严重。除消除诱因外，必要时需要添加消泡剂，每次添加根据经验确定．一次添加不宜太多，太多同样容易冒泡。
(4)旁路挡板的铅封或取消旁路挡板，本人认为应慎重。实际上，脱硫烟气系统和脱硫塔吸收系统的故障率很低，即使出现故障，一般也能在2 4ih内排除，对环境的污染有限，反之，如强迫停炉，在锅炉重启点火过程中，不但浪费能源，还可能会带来更大的污染。
此外，在锅炉点火启炉阶段，大量的油烟进入脱硫塔，对脱硫系统不利。对于负责的企业，旁路挡板是否铅封是没有影响的，对于不负责的企业，即使铅封也没用，如一些干法、半干法脱硫系统，几乎不喷任何脱硫剂，整个脱硫烟气系统成了常规的烟风道。
(5)脱硫废水处理难以达标，部分业主干脆取消了脱硫废水处理系统，或即使建设了也未运行，这种做法存在污染转移的风险。
(6)脱硫石膏产生堆积如山，未能得到有效地利用，存在造成二次枵染的危险。一些千法、半干法脱硫系统的副产物掺人炉渣、钢渣中作建材用，为建筑安全带来隐患。
(7)含重金属（如汞、砷等）较高的煤种，脱硫副产物的应用安全性仍有待研究。
对于脱硫塔防腐蚀问题，北京耐默是采用KNM22防腐涂层进行处理，大大延长了脱硫塔设备的使用寿命。
