一、关于环境质量不达标区域怎样发证？
排污许可证的重头戏理应针对环境质量不达标区域怎样体现从严控制和差异性区别，实现精细化管理。在条例中有两处显示观点，其一是第二十四条，“地方人民政府根据环境质量改善要求、依法制定的环境质量限期达标规划、重污染天气应对措施，要求排污单位执行更加严格的重点污染物排放总量控制指标的，应当在排污许可证副本中规定”，其二是第五条，“环境质量不达标地区通过提高污染物排放标准实施更为严格的污染物总量控制，依证强化事中、事后监管，推动改善环境质量”。
第二十四条规定仅在副本中反映是落实达标规划和紧急措施，不反映许可证主线。
第五条则把不达标地区提高污染物排放标准明确作为排污许可证依证强化事中、事后监管的主线内容。
应该说提高地方污染物排放标准确实是可行措施，但排放标准和许可证的关系何者为先，是必须明确交代的。现在的规定是许可证按排放标准核定排放总量，并发放许可证，即以标准发证。许可证对环境质量的能动作用和发证压力确实减少很多。但世界各国都是在执行排放标准后，仍不能实现区域环境质量目标时，则依靠排污许可证实行差异性管理，即一厂一个标准，更有效的实现污染源管控。不知条例做此大胆革新，对地方排放标准的作用能否支持“排污许可证坚持以改善环境质量为核心”做过论证吗？
二、关于三线一单的质量底线不突破怎样保障？
条例第十七条不予核发条件中，“对存在下列情形之一的，有核发权的生态环境主管部门，不予核发排污许可证：（一）、位于法律法规规定禁止建设区域内的，或者不符合区域三线一单生态环境分区管控环境要求的”明确提出了三线一单管控要求，非常好。仅以三线要求中环境质量底线不得突破提出质疑，底线不突破是国外环境质量反降级政策的发展，意味着任何新、改、扩建设活动都不能影响环境质量，这是生态环境质量只能日渐好转，不能反复降低的保障。条例在核定排污浓度和总量的规定中，没有污染源与环境质量挂钩的任何措施和规定，不知这个底线不突破怎样保障。
这一条实际上是涉及怎样应用环境影响评价制度的成果，包括战略环评、规划环评、项目环评，排污许可证发放为落实污染预防制度，理应从流域、区域的发展战略、发展规划开始，早期介入，对排污许可证的战略性作用以及项目级的控制措施早有顶层思维，这样才能真正懂得三线一单的精髓，而不是空谈。这一点最近环评司领导公开介绍地表水导则时，有更为精彩的说法：“按照‘环境质量只能更好、不能变坏’的环境管理要求，修订导则贯通了污染源-排放口-入河排污口-环境水体-控制断面全过程，建立了污染排放与水环境质量响应的技术链条，确立了环境质量在水环境影响评价中的核心地位”，这段话说明生态环境部环境影响评价与排放管理司最应该内部加强沟通，强化排污许可证的能动作用，推进环境质量倒逼机制，使环境影响评价制度为排污许可证保驾护航。
三、关于采用国家污染防治技术指南规定的可行技术谁保证达标？
第四十三条“国务院生态环境主管部门组织编制污染防治可行技术指南。对于不采用国家污染防治可行技术指南所规定可行技术的，应当根据执行报告、台账记录、自行监测数据和监督性监测数据综合判定是否能够稳定达到排污许可证要求，并对不能稳定达标的增加检查频次”，这一条同时说了技术和数据两件事。技术未说明本身的法律地位，和谁赋予强制执行的权利？数据则把监督性监测数据的法律地位与自行监测数据和台账记录等混为一谈，强调综合判定还要对不稳定达标的增加检查频次。这些内容上的混乱使第四十三条的法律地位大为降低，本来国家和地方污染物排放标准必须要有达标技术，是多年未实现的目标，也是近些年排放标准中特别限值所代表的一种缺乏技术经济优化的倾向。条例想改变这些，首先需要和法规标准司共同确定中国的最佳实用处理技术、最佳可行处理技术是通过排污许可证还是通过排放标准来确定法律地位？
由于条例中早已把不达标区域提高排污总量控制的任务交给了地方污染物排放标准，所以这一任务只能由国家和地方污染物排放标准来承担，排污许可证强调用什么技术来保证证后监督合格实际上是一种越权。正确的做法是，增加排污许可证核定总量浓度是否能保证区域环境质量达标，若不能保证，则应提出更高的减排要求，而不必讨论企业该用什么技术，这是制定排放标准应进行的技术经济论证。
四、没有流域区域纳污能力流域区域发证超纳污能力谁来控制？
条例共八十七条，对“生态环境主管部门坚持以改善环境质量为核心，对排污单位实行综合许可管理和多污染物协同控制”，“未取得排污许可证的，不得排放污染物”的具体规定均较详尽，但是以改善环境质量为核心如何落实，没有交代。这里有一个关键内容是纳污能力和排污许可证的关系，不能缺失。
中共中央办公厅和囯务院办公厅颁布的生态环境部三定方案中，明确规定生态环境部“负责监督管理国家減排目标的落实。组织制定陆地和海洋各类污染物排放总量控制、排污许可证制度並监督实施，确定大气、水、海洋等纳污能力，提出实施总量控制的污染物名称和控制指标，监督检查各地污染物減排任务完成情况，实施生态环境保护目标责任制”。这一新职责第一次明确要确定大气、水、海洋等纳污能力，并把量化纳污能力作为国家减排目标的依据，把各地落实减排任务作为实施生态环境保护目标责任制的基础，为生态环境部提升执法监督水平夯实环境管理基础并进一步推进绿色发展指明了路径。
每个具体的流域和区域控制单元都有针对性的控制污染物名称和控制指标，这是在确定大气、水纳污能力过程中通过调查和分析确定的。为了确保社会经济发展不超过纳污能力，发放排污许可证担负着实施生态环境保护目标责任制的重任。而不仅仅是将“排污许可制建设成为固定污染源环境管理的核心制度”。因为固定污染源环境管理可以有排放标准、环境税、清洁生产、节能减碳等多项措施，但是这些措施都缺乏一个关键点，那就是与环境质量未直接挂钩，不能承担生态环境保护目标责任制和生态环境资源预警调控、干部终身问责等一系列生态环境考核任务。这就需要排污许可证站在水、气纳污能力的肩膀上攀登生态环境管理的新高峰，使排污许可证尽快与环境质量和纳污能力挂钩。不要重复“只要减少排污量，就对环境质量有利”这种粗放式的管理思维。现在需要精细化管理，需要计环境成本。
当前最紧迫的是对流域区域控制单元纳污能力进行紧急核定，对超出纳污能力的发证总量立即进行调控，防止许可证一旦发出，与2020污染防治攻坚战流域和区域力求实现的削减总量相矛盾，法律许可总量大于发证允许总量，那时再撤回，遇到的是第五十八条“排污单位依法取得的排污许可证受法律保护，生态环境主管部门或者其上级行政机关不得擅自改变已经生效的排污许可证。”
当初陈吉宁部长提出环境质量为核心精细化管理，现在李干杰部长提出三线一单、污染预防，都是在环境质量倒逼机制上下功夫，现在的条例把许可证限制在污染源范围内，让地方环保局脱离地方环境质量要求去审批，无论从短期看还是从长期看，都不是上策。即使寄希望于进一步完善，也会事倍功半。
